Pesantren Modern MBS Putri Kutai Timur memadukan kurikulum Merdeka Belajar untuk pelajaran umum dan kurikulum Diniyah dengan menitikberatkan pada penguasaan Qur’an dan Bahasa Arab serta memberikan beragam kecakapan sebagai bekal Kepemipinan dan Jiwa Kewirausahaan Santri