Pesantren MBS Putri Kutai Timur masih dalam tahap perintisan. Fasilitas yang tersedia saat ini, dalam keadaan sederhana, antara lain:

• Asrama
• Musholla
• Kelas
• Lab Komputer
• Kantor
• Dapur
• Toilet

Pesantren juga menggunakan fasilitas pendidikan yang tersedia di lingkungan Muhammadiyah, seperti:

• Masjid
• Lapangan Basket
• dan fasilitas olah raga lainnya.

Walaupun fasilitas yang masih sederhana, para ustadz-ustadzah Pesantren MBS berkomitmen untuk memberikan pendidikan dan pembinaan terbaik bagi para santriwati.