Santriwati Pesantren Modern MBS Putri Kutim menerima pembelajaran sekolah menengah pertama secara formal melalui SMP Muhammadiyah Sangatta. Dengan pendidikan formal ini, santriwati yang lulus akan mendapatkan ijazah dari SMP Muhammadiyah Sangatta.

Kurikulum sekolah yang digunakan adalah kurikulum merdeka. Kurikulum Merdeka dikembangkan dengan lebih fleksibel dan berfokus pada materi esensial serta pengembangan karakter dan kompetensi peserta didik. Berikut ini beberapa karakteristik maupun karakteristik merdeka belajar yang diterapkan, antara lain: 

• Pembelajaran yang digunakan berbasis proyek untuk mengembangkan soft skill dan karakter sesuai dengan profil belajar Pancasila. 
• Fokus terhadap materi esensial sehingga terdapat waktu untuk pembelajaran yang mendalam bagi kompetensi dasar. Contohnya literasi dan numerasi. 
• Fleksibilitas guru untuk bisa melakukan pembelajaran yang terdiferensiasi sesuai dengan kemampuan peserta didik.