Perjalanan Pesantren Ar Raihana berakar dari berdirinya SMP Muhammadiyah 2 Sangatta Utara pada tahun 2002. Lembaga pendidikan ini tumbuh sebagai bagian dari ikhtiar warga Muhammadiyah Kutai Timur untuk menghadirkan pendidikan yang bermanfaat bagi generasi muda.

Pada tahun 2023, SMP Muhammadiyah 2 Sangatta Utara bertransformasi menjadi Muhammadiyah Boarding School (MBS) Pesantren Ar Raihana, di bawah kepemimpinan Mudirah Dr. Naila M. Tazkiyyah. Perubahan ini menandai langkah baru dalam pengembangan pendidikan, dengan memadukan pembelajaran sekolah dan kehidupan pesantren.

Pesantren Ar Raihana berada di bawah naungan Pimpinan Daerah Muhammadiyah Kutai Timur. Pendirian dan perkembangannya mendapat dukungan dari banyak warga Muhammadiyah di Kutai Timur. Dukungan tersebut menjadi bagian penting dari perjalanan pesantren dan mencerminkan semangat kebersamaan dalam membangun pendidikan umat.

Dengan semangat itu, Pesantren Ar Raihana berikhtiar menjadikan program-program pendidikan dan sumber daya manusia yang dimilikinya sebagai bentuk pengabdian bagi umat. Pesantren ini hadir untuk mendidik generasi yang berilmu, berakhlak Qur’ani, serta siap memberikan manfaat bagi masyarakat.